A Fundación Malvar ten a súa orixe no morgado vincular instituído por Inés María de Pinto e Justo, viúva de Santiago Malvar de Castro, no seu testamento, outorgado o 27 de maio de 1789.

Máis tarde, o seu neto, Pedro Acuña e Malvar, que sería ministro de Graza e Xustiza do rei Carlos IV, súmase á vinculación de bens e rendas propias feitas en favor do primeiro chamado a posuír a Fundación vincular que establecera Inés María de Pinto: Julián Malvar e Malvar, conde de Malvar; obtendo a aprobación real o 10 de agosto de 1791.

O 12 de xullo de 1793 Manuel Collazo e Malvar e or irmáns Santiago Ignacio, Pascual e Manuel Baquero e Malvar -todos eles netos de Inés María de Pinto-, outorgan unha escritura pola que achegan máis patrimonio á Fundación familiar. Esta aportación será aprobada polo rei en novembro de 1793.

Entre os anos 1797 e 1798 prodúcense novas achegas patrimoniais á Fundación por unha nova cesión outorgada por Santiago Ignacio Baquero e Malvar e por unha transacción sobre a partición da herdanza do conde de Tomentosa, Miguel Obarrio Montenegro, -casado con Benita Collazo e Malvar-, que supón a aportación de cuantiosos bens e rendas procedentes da Casa de Alba.

A aprobación das Leis Desvinculadoras, e os distintos cambios de reximes políticos en España, provocaron que a Fundación pasara a rexerse pola lexislación nesta materia, coa finalidade de custodiar, estudar e divulgar o patrimonio da familia.